Sejarah Malaysia (سجاره مليسيا) adalah baru berbanding cabang dari sejarah dunia Melayu-Indonesia yang lebih luas. Secara budaya dan bahasa, terdapat apabila sehingga masa baru sedikit untuk membezakan wilayah dimana sekarang mengandungi Malaysia dari tanah daripada Kepulauan Melayu. Kini dunia Melayu dibahagi kepada enam negeri - Malaysia, Indonesia, Filipina, Singapura, Brunei dan Timor Timur – secara besar akibat dari pengaruh luar.
Sejarah awal
Sejarah awal Malaysia bermula dengan kewujudan manusia awal berusia
40,000 tahun yang ditemui di Kompleks Gua Mulu dan kompleks gua niah, Sarawak. Secara dasarnya sejarah negara ini telah melalui empat zaman utama sejarah manusia iaitu Prasejarah, Proto Sejarah, Zaman Pertengahan dan Zaman Kolonial.
Semenanjung Melayu berubah menjadi pusat perdagangan Asia Tenggara apabila China dan Indiamemulakan perdagangan mereka melalui di Selat Melaka. Penemuan beberapa tapak arkeologi Zaman Proto Sejarah membuktikan wujud petempatan pesisir pantai seawal abad ke-2 Masihi lagi. Ia membawa kepada kemunculan kerajaan awal sebelum abad ke-10 adalah merupakan penemepatan pesisir pantai dan pelabuhan kecil. Ini termasuk Langkasuka dan Lembah Bujang di Kedah, Beruas dan Gangga Negara di Perak, dan Pan Pan di Kelantan. Pada awal abad ke-15, Kesultanan Melaka wujud dan kemakmuran ekonominya telah menarik minat penakluk daripada Portugis pada tahun 1511 diikuti oleh Belanda dan Britain untuk mewujudkan penempatan atau koloni di Selat Melaka.
Manakala di Borneo pula, kewujudan kerajaan purba Marudu sebelum abad ke-13 Masehi dan Santubung lebih awal lagi membuktikan telah wujud entiti politik yang mendahului kewujudan Kesultanan Brunei dan kesultanan
Zaman penjajahan
Penempatan terawal British di Malaysia bermula dengan pendudukan Pulau Balambangan pada tahun 1769 hasil dari perjanjian dengan Kesultanan Brunei dan Kesultanan Sulu. Manakala penempatan Selat Koloni DiRaja Britain diwujudkan pada 1826, dan Britain sedikit demi sedikit menyebarkan pengaruh dan kawalannya ke atas seluruh semenanjung. Penempatan Selat termasuk Pulau Pinang, Singapura dan Melaka. Pada 1867, Inggeris menjadi semakin agresif dan mula mendapatkan negeri negeri Melayu yang lain. Disebabkan perang saudara, gangguan persatuan sulit Cina, Britain telah dipilih untuk menyelesaikan masalah masalah penduduk Negeri Selat. Akhirnya, Perjanjian Pangkor ditandatangani yang mengakibatkan perluasan kuasa Britain ke negeri negeri Melayu (iaitu Perak, Pahang, Selangor dan Negeri Sembilan yang dikenali juga Negeri-negeri Bersekutu). Negeri-negeri lain yang dikenali sebagai Negeri-Negeri Tidak Bersekutu ialah Perlis, Kedah, Kelantan, dan Terengganu yang berada di bawah kuasa Thai.
Di Borneo pula, Borneo Utara yang dahulunya berada di bawah pemerintahan Kesultanan Brunei dan Kesultanan Sulu sekarang Sabah) telah berada dibawah pajakan Syarikat Berpiagam Borneo Utara British pada tahun 1881 sehingga 1946 apabila ia ditabalkan sebagai Koloni Diraja British. Manakala Sarawak menjadi milik keluarga Brooke sebelum dari itu.
Akibat penaklukan Jepun pada Perang Dunia II dan kebangkitan komunis, kesedaran untuk merdeka semakin menyerlah dan kuat. Perkara ini amat dikhuatir oleh British khususnya dalam menjaga kepentingannya dan masyarakat imigran. justeru British mewujudkan Malayan Union, masyarakat Melayu bangun menentang dan mahukan sistem yang pro-melayu, menolak kemasukan Singapura dan mahukan sistem kewarganegaraan tunggal (berbanding dwiwarganegara, yang membolehkan kaum pendatang mendapat status warganegara Malaya dan negara asal mereka). Kemerdekaan untuk semenanjung diperolehi pada 1957 di bawah nama Persekutuan Malaya, tanpa Singapura.
Penubuhan Malaysia
Persekutuan yang baru diwujudkan di bawah nama Malaysia pada 16 September 1963 melalui penyatuan Persekutuan Malaya, Singapura, Borneo Utara (kemudian dinamakan Sabah) dan Sarawak. Kesultanan Brunei yang pada mulanya menyatakan hasrat untuk menyertai Malaysia menarik diri akibat tentangan sebahagian masyarakat Brunei. Pada awal penubuhan Malaysia, banyak perkara berlaku misalnya cubaan Indonesia menakluk Malaysia, dan tuntutan oleh Filipina terhadap Sabah. Selain itu, pada 1965, Singapura menarik diri daripada Malaysia dan berlakunya rusuhan kaum pada 1969.
